Gerrit van Houten werd in 1866 geboren als tweede zoon van het echtpaar Hindrik van Houten en Alida ten Bruggen Kate. Vader Hindrik bezat een houthandel aan het Damsterdiep in de stad Groningen, had zitting in de gemeenteraad en provinciale staten en was een in alle opzichten vooraanstaand man in stad en provincie. Verder beschikte Hindrik van Houten over artistieke gaven: hij was een goed amateurtekenaar.
Gerrit en zijn jongere zuster Alida erfden hun vaders aanleg, maar iedereen vond dat Gerrit van beiden de meest getalenteerde was. De familie stimuleerde Gerrit in zijn artistieke neigingen, zodat hij reeds op jeugdige leeftijd veel en verdienstelijk tekende en prachtige aquarellen maakte. In 1881 begon hij ook in olieverf te schilderen. Ofschoon Gerrit van Houten tekenlessen volgde op de Academie Minerva en van 1884 tot 1885 de Kunstacademie in Den Haag bezocht, wordt hij veelal beschouwd als autodidact.
Toen Gerrit van Houten vijftien jaar oud was kon het grote publiek voor het eerst kennis maken met zijn talent. In maart van het jaar 1882 was in het gebouw van het 'Kunstlievend Genootschap Pictura' te Groningen, als onderdeel van een grotere tentoonstelling, een aquarel van Gerrit van Houten te zien. De bewaard gebleven werken van Gerrit van Houten zijn tot stand gekomen tussen zijn dertiende en vierentwintigste levensjaar. Aan zijn latere werken is zichtbaar dat het niet goed ging met de schilder. Gerrit had last van depressies en moest daarvoor worden behandeld. Zijn ziekte verergerde snel en bleek ongeneeslijk. Tekenen en schilderen werden hem verboden. Hierdoor kwam een vroegtijdig einde aan een veelbelovende kunstenaarsloopbaan. In 1934 overleed Gerrit van Houten in het ziekenhuis Oud Meerenberg te Santpoort op 67-jarige leeftijd. Hij ligt begraven op de Zuiderbegraafplaats in Groningen.
In de ruim tien jaar van zijn kunstenaarschap koos Gerrit voor zijn werken vooral onderwerpen uit zijn directe omgeving: landschappen, stillevens, portretten van huisgenoten en interieurs. Zijn stijl kan men naturalistisch noemen, maar vertoont ook een impressionistische inslag. Toenmalige en latere critici hebben gewezen op de kwaliteit van Gerrits werk en op het feit dat hij op jeugdige leeftijd reeds over grote technische vaardigheden beschikte. Des te betreurenswaardiger is het dat zijn kunstenaarschap zo kort heeft geduurd.
Meer informatie over het leven en werk van Gerrit van Houten is te vinden in het boek Gerrit van Houten (1866-1934) onder redactie van I.G.R. Koops-Stange, met bijdragen van W.M. van der Mast, G. Overdiep, H. van Harten-Boers, M.E. Voorhoeve en I.G.R. Koops-Stange (Gerrit van Houten Stichting, Groningen 1991). ISBN 90-9004194-Xgeb. Meer informatie over het leven en werk van Gerrit van Houten is te vinden in het boek Gerrit van Houten (1866-1934).